Kiedy upadało cesarstwo zachodniorzymskie, na jego ziemiach – wraz z kryzysem centralnej władzy politycznej – doszło do zapaści gospodarczej i kulturalnej. Wiele ze zdobyczy cywilizacyjnych starożytności popadło w zapomnienie. Wielką rolę w tym trudnym czasie zaczęły odgrywać powstające wtedy chrześcijańskie klasztory. Zapewniały one pomoc materialną ludziom mieszkającym w okolicy i pielgrzymom, ale stały się również najbardziej żywotnymi ośrodkami kultury. Mnichom udało się uratować wiele cennych naukowych dzieł starożytnych myślicieli. Dzięki znajomości języków obcych i umiejętności biegłego pisania zakonnicy dzieła te tłumaczyli i kopiowali. Wiedza w nich zawarta była podstawą leczenia chorych w klasztornych przytułkach.

W czasie Soboru Nicejskiego w 325 r. ustalono zapisy prawne, które regulowały pracę duchownych medyków. Wtedy też biskupi zostali wezwani do tworzenia przy parafiach i kapitułach miejsc, w których pomoc otrzymywaliby chorzy i biedni. W klasztorach benedyktyńskich jasno określano, jak należy prawidłowo postępować z chorymi braćmi. „Niech będzie pierwszą troską opata, aby chorym na niczym nie zbywało. Należy im wyznaczyć osobną celę oraz pobożnego, roztropnego i troskliwego pielęgniarza. Niech się im, kiedy to tylko konieczne, udostępni łaźnię. Również i spożywanie mięsa niech będzie dozwolone chorym i dla rekonwalescencji powracającym do zdrowia”. W opactwach powstawały ogrody z leczniczymi roślinami zwane viridarium i miejsca, w których przebywali i leczeni byli chorzy (tzw. infirmeria).

W 538 roku Aurelius Cassiodorus (Kasjodor) zakłada klasztor benedyktynów w Vivarium, gdzie ocalałe dzieła i traktaty starożytne tłumaczone były z języka greckiego. Kasjodor napisał też własną księgę „De medicina”, w której po raz pierwszy opisane są obowiązki braci zajmujących się chorymi. Natomiast pierwszym traktatem opisującym zasady uprawy i działania ziół był „Hortulus” autorstwa opata klasztoru benedyktynów w Reichenau – Walfridusa Strabusa (datowany na 827 r.). Z czasem wiedza i praktyka leczenia dzięki powstającym przy klasztorach lecznicom dynamicznie się rozwinęła, a opactwa stały się ważnymi miejscami edukacji i pomocy chorym. Oprócz ogrodów i infirmerii w klasztorach powstawały też pomieszczenia do obróbki ziół, suszarnie, miejsca upuszczania krwi, a także pierwsze szpitale dla nieuleczalnie chorych czy pielgrzymów. Pomocy udzielano również najuboższym. Duchowni zajmujący się chorymi pełnili rolę lekarza, farmaceuty i aptekarza. Jeśli chodzi o lata późniejsze, nie można pominąć postaci św. Hildegardy z Bingen. Wśród licznych dzieł, które zostawiła, nie brakowało tych poświęconych odpowiedniej diecie i zdrowiu („Causae et curae”, czyli „Przyczyny i leczenie chorób”). Współcześnie warto wspomnieć słynne i popularne do dziś receptury ojca Klimuszki czy ojca Grzegorza Sroki.